全國動物醫院除了設立一般門診之外，也在部份分院設有專業醫療領域的特別門診，分別有「貓科特別門診」、「心臟特別門診」、「眼科特別門診」、「牙科特別門診」。這些特別門診均由在特殊專科上受過額外訓練與研究的獸醫師們進行診療，能為毛孩進行更加詳細的疾病診斷以及專業的醫療服務，提供家長更多的就醫選擇。
【貓科特別門診】
提供貓友善的看診環境，並針對擅常隱藏疾病的貓咪提供診察與治療，除了常見的腎臟疾病外，還有短時間內容易造成貓咪生命威脅的泌尿道疾病，例如：尿道結石、尿道阻塞、自發性膀胱炎...等，除此之外，口腔問題也是貓咪常見的疾病之一，以上皆提供相關的診察與治療。
北部：環球分院、台北分院中部：精業分院、大里分院、中科分院
【心臟特別門診】
提供肥厚型心肌病、擴張型心肌病、心律不整…等，犬貓心臟常見疾病之診察治療，由心臟科專長的獸醫師進行診察，並備有心臟超音波與心電圖...等相關醫療設備，給予更加詳細的診斷。
南部：永康分院
【牙科特別門診】
提供牙周病、乳齒殘留、牙根殘留、口腔腫瘤、貓齒吸收症、咬合不正、口腔創傷...等，犬貓牙科常見疾病之診察與治療；亦提供相關牙科治療，例如：根管治療、活髓治療、皮瓣手術、牙科X光、開放式拔牙...等。
中部：精業分院
【眼科特別門診】
提供常見於犬貓的眼睛疾病，例如：青光眼、白內障、乾眼症...等類疾病之診察與治療。
中部：大雅分院、北全分院
